便利だとはわかっているのですが、覚えていないので調べるのが面倒だったり、使わなくてもどうにかなる場合が多かったりで、正規表現ってあまり使わないんですよね。
しかし、先日数百ページあるにも関わらず、インクルードしてはいけないサイトの共通フッターの更新を頼まれ、これを手作業は気が遠くなるので、複数行を置換する正規表現を調べました。
ページごとに改行とか、スペースとか違っても検索できることがポイントですね。

■複数行を置換する正規表現

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<!-- XX_area -->([\s\S]*?)<!-- /XX_area -->

※このようにした場合は、<!-- XX_area --> から <!-- /XX_area --> 内全て検知します。

自分は、置換するときは主にDreamweaverを使っています（慣れているのと、ファイルを開かずにフォルダ以下全部置換できるので）。
１点注意したいのは、この方法だと中身は何であろうと検知されてしまうことですね…。
例えば、トップページだけ一部要素が違う部分があったとしても、それを無視して置換されてしまうことです…。。
使用するときは、構造をしっかり把握してからにするよう気をつけましょうｗ